José Bonaparte nació en Corte, un pequeño pueblo de Córcega, el 7 de enero de 1768; su padre fue el general Carlo Maria, un seguidor de Pasquale Paoli y líder en la lucha por la independencia corsa, y María Letizia Ramolino. Diecisiete meses después nació su hermano
Napoleón, quien marcaría su destino personal, así como el de la totalidad de Europa. En 1794 José se casó con Julie Clary, de Marsella.
En 1796 ya era embajador en Roma; allí el 28 de diciembre de 1797, durante una manifestación pacífica cerca de la Embajada de Francia, los soldados papales abrieron fuego, matando, entre otros, al general Duphot, prometido de Désirée Clary, hermana de su esposa Julie. Al incidente siguió uno similar en el que murió el diplomático Hugo De Basseville, en enero de 1793. El Directorio francés - dirigido entonces por Louis-Marie de La Revelliére Lepeaux, entre otras cosas, un feroz anticatólico - decidió invadir el Estado Pontificio estableciendo, el 15 de Febrero de 1798, la República Romana, y forzando el Papa Pío VI a refugiarse en la Toscana.
El rey de Nápoles Fernando IV, inducido principalmente por los británicos, decició no cumplir con los compromisos del armisticio de Brescia, asumidos dos años antes, y atacó a las tropas francesas. El resultado fue desastroso ya que los franceses, además de derrotarlo, ocuparon Nápoles obligándolo a huir a Palermo. En 1799 el rey Borbón recuperó sus territorios, persistiendo en sus hostilidad hacia Francia hasta que, en febrero de 1806, un ejército francés de 50.000 hombres, comandado por el mariscal Massena, cruzó las fronteras del reino y, después de obligar por segunda vez al rey a huir de Nápoles, en un lluvioso 14 de febrero, llevó a José Bonaparte al trono, con el título de Teniente del Emperador.
Su primer edicto, al día siguiente, fue una proclama de Napoleón, que se abre con estas palabras: "¡Soldados En diez años he hecho todo lo posible para mantener al rey de Nápoles, él ha hecho todo lo posible para perderse". El 30 de marzo, Napoleón emitió el decreto que nombró a su hermano rey de las Dos Sicilias, preservando el derecho de sucesión al trono francés y declarando el nuevo reino autónomo respecto de Francia.
El neo-soberano se preocupó de inmediato en tranquilizar a sus nuevos súbditos y en establecer un gobierno de seis ministros, cuatro de los cuales monárquicos napolitanos. Pero José Bonaparte tenía que completar su misión de conquista de los territorios del reino, especialmente Calabria, donde todavía había áreas ocupadas por los Borbones que creaban serios problemas a las tropas francesas. Fue en estos años que nació la sociedad secreta Carbonari que se oponía a la dominación francesa y aspiraba a la constitución y unificación nacional, y que desde el sur se expandió rápidamente por toda Italia.
José dio lugar a una serie de reformas, la más importante de las cuales fue la adoptada por la Ley del 2 de agosto de 1806, que abolió la feudalidad, cancelando una serie de privilegios. A pesar de sostener principios altamente innovadoras, la reforma terminó fomentando el surgimiento de un gran burguesía agraria, decepcionando las expectativas de los agricultores.
Mientras tanto, en España, se había estando gestando una crisis interna que llevó al derrocamiento del rey Carlos IV por su hijo
Fernando VII; el rey buscó la ayuda de Napoleón, que, yendo más allá de la petición de Carlos, ocupó España, restituyendo la corona a su legítimo titular, obligándolo, sin embargo, a cedérsela a él. Es así como en 1808 Napoleón asignó la corona española a su hermano
José, enviando a Nápoles, como nuevo soberano, a Joaquín Murat.
La campaña española se demostró, sin embargo. imprudente, porque el pueblo se levantó apoyado por el inglés Duque de Wellington, iniciando la Guerra de la Independencia que se extendería hasta 1814, causando a Francia la pérdida de más de 400.000 hombres.
Después de asumir el cargo, José Bonaparte intentó suavizar los ánimos concediendo una constitución e iniciando varias reformas, aunque todo fue en vano. El 23 de julio de 1808 sus tropas fueron derrotadas en Bailén, pero la intervención de Napoleón le aseguró la conservación del trono que no se salvó, sin embargo, después de la derrota de Arapiles, unos años más tarde.
En 1813, José se vio obligado a huir a Francia. Después de la caída del imperio se trasladó a Estados Unidos donde, gracias a la venta de las joyas de la corona española, se contruyo una lujosa e impresionante mansión en Philadelphia y comenzó una serie de relaciones con las mujeres de la aristocracia local, mientras que su esposa Julie, permaneció en Europa con sus hijas, reencontrándose con su viejo amor, André Francois Anthoine. El matrimonio se reuniría sólo en 1840, en Florencia.
Cuatro años más tarde, el 28 de julio de 1844, José Bonaparte, soberano de dos reinos efímeros, falleció en Florencia a los setenta y seis años de edad.