César Borgia nació 13 de septiembre de 1475 en Roma. Su padre era el cardenal Rodrigo Borgia y su madre, Vannozza Cattani. Pertenecía, por tanto, a una prominente familia de Roma, originaria de Cataluña, en la que ya Alfonso Borgia había sido elegido Papa en 1455 con el nombre de Calixto III y luego su padre, Rodrigo asumió el trono papal en 1492 con el nombre de
Alejandro VI. El segundo de cuatro hijos, sus hermanos eran Juan Lucrezia y Jofré.
Gracias a la bula papal emitida por el Papa Sixto IV, César, siendo niño, pudo obtener una serie de beneficios que le permitrían tener un futuro brillante. A temprana edad se convirtió protonotario apostólico, dignatario de la pontificia Cancillería, rector de Gandia, archidiácono de Altar y Játiva, obtuvo laPrebenda y el Canonicato sobre la Catedral de Valencia, se convirtió en tesorero de la Catedral de Cartagena, archidiácono de la catedral de Tarragona, canónigo de la catedral Lérida y obtuvo la Prebenda sobre la catedral de Mallorca.
César estudió en la Universidad de Perugia, con Juan de Médicis, que sería conocido como Papa León X. Después de salir de la Universidad de Perugia, continuó sus estudios en la Universidad de Pisa siempre con Juan de Médicis. Entre los dieciséis y los diecisiete años se graduó en la escuela de leyes.
Entre 1492 y 1495, se convirtió en arzobispo de Valencia, aunque no se trasladó a España y no tomó posesión del arzobispado; más tarde se convirtió en cardenal, gobernador y legado de la ciudad de Orvieto. Acumuló todos estos importantes cargos políticos y religiosos, ni bien su padre tomó las riendas del poder en la ciudad de Roma. En los primeros años del pontificado de Rodrigo, César, con todos estos importantes títulos, vivía en Roma, en el más absoluto libertinaje.
Después de ser coronado el 27 de julio de 1497, al nuevo rey de Nápoles, Federico I de Aragón, César decidió abandonar su carrera en la iglesia, porque no se sentía atraído a ese tipo de vida. Al año siguiente, el Consistorio, después de escuchar sus motivos de César, le permitió volver a la vida secular.
Durante este tiempo aspiraba a casarse con la princesa Carlota de Aragón con residía en Francia bajo la protección del rey Luis XII. Al unirse en matrimonio a la princesa de Aragón, pretendía tomar posesión del Reino de Nápoles. Sería imprescindible la mediación del papa Alejandro VI para la concreción de la boda de su hijo. Después de largas negociaciones finalmente se llegó a un acuerdo: César Borgia se casaría con Carlota de Aragón a cambio de la anulación del matrimonio de Luis XII y Juana de Francia. El rey tenía como objetivo, una vez cancelado su primer matrimonio, casarse con la reina Ana de Bretaña, a quien amaba.
César llegó a Francia, pero el acuerdo se interrumpió abruptamente cuando la princesa Carlota lo vio. En este punto, al no haber conseguido su objetivo, Borgia no entregó al rey Luis XII de la bula papal para la anulación de su matrimonio con la reina de Francia. Retenido en Francia en el palacio real, después de algunos meses pudo recuperar la libertad y recibió la mano de la sobrina del rey Luis XII, Charlotte d'Albret, oriunda de Navarra.
En 1499 César Borgia se convirtió en comandante del ejército papal y el 10 de mayo del mismo año se casó con Charlotte d'Albret. Después del compromiso asumido, mantuvo una fuerte alianza con Francia, obteniendo el ducado de Valentinois y el importante título de Par de Francia. En el verano, al mando del ejército papal, se unió una vez más con Francia en la guerra contra España. Los dos ejércitos, confiando también en el apoyo de Venecia, comenzaron la ofensiva, ganando en primer lugar el ducado de Milán, que en ese momento estaba bajo el control de los Sforza.
La guerra continuó y el gran ejército llegó a los territorios de Romaña que se encontraban bajo la influencia del Papa. Alejandro VI, informado acerca de la situación, escribió a los señores de Urbino, Pesaro, Faenza, Forlì, Imola y Camerino, invitándoles a abandonar sus feudos. Este contraataque del Papa le garantizó a su hijo César, la formación una fuerte principado. El poderoso ejército conquistó también las ciudades de Cesena, Rimini, Piombino, Pianosa y Elba.
De vuelta en Roma, fue recibido por su padre de forma solemne y triunfal, consiguiendo el importante título de vicario papal, así como dinero suficiente para financiar su ejército. En su residencia romana componía poemas, trabajaba y se mantenía en contacto con los hombres de su ejército. De la República de Florencia, le fue enviado como embajador @bio:Nicolás Maquiavelo} y confió en
Leonardo da Vinci para proyectar sus armas de guerra y para el diseño planimétrico de los territorios conquistados.
Bajo su gobierno la zona de Romaña encontró estabilidad y orden luego de la creación de los tribunales.
En 1503, planeó la expansión de su vasto principado, intentando conquistar las ciudades de Pisa, Lucca y Siena. Sin embargo, no logró conseguirlo, porque el 18 de agosto de ese año murió su padre, que para él era su gran punto de referencia.
Después de la muerte de
Alejandro VI y el breve pontificado de Pío III, llegó al trono pontificio Giuliano Della Rovere llamado Julio III, proveniente de una familia enemiga de los Borgia.
El Papa, después de quitarle a César el ducado de Romaña, lo hizo detener y encarcelar en el castillo de Sant'Angelo. Éste, sin embargo, se las arregló para escapar de la fortaleza, refugiándose en Nápoles, donde comenzó a reorganizarse para recuperar los territorios perdidos, pero pronto el Papa se dio cuenta de la situación y lo hizo deportar a España, con la ayuda del rey Fernando de Aragón. En 1506 nuevamente se las arregló para escapar, encontrando refugio en Navarra, una región controlada por su cuñado, Juan III de Albret.
César Borgia murió el 12 de marzo de 1507, a la edad de treinta y dos años, mientras intentaba asediar la ciudad de Viana. En la literatura también se le conoce por haber inspirado a Nicolás Maquiavelo en la creación de su obra más famosa, "El Príncipe".