Fabien Barthez nació el 28 de Junio de 1971 en Lavelanet Francia.
Se inició en el equipo de Lavelanet, de su ciudad natal, y en 1990 debutó en la primera del Toulouse FC, donde el resultado fue 1 a 1.
En poco tiempo empezó a disputarse por varios equipos que lo querían tener en su arco, y fue al Olympique de Marseille, club frances más poderoso en esa época. Pese a ganar la Liga y la Champions League en 1993, el equipo desciende por crisis financiera, pero igualmente el guardametas se queda y consigue el retorno a la primera posición.
En 1995 ingresa al AS Monaco FC donde se consagra en el club del principado ganador de la Liga en 1997 y en el 2000.
Sus excelentes actuaciones lo hicieron fichar para el poderoso Manchester United FC, donde actuó de buena forma durante toda su trayectoria en dicho equipo, ganando en dos oportunidades la liga inglesa.
En el 2003 vuelve a jugar para el Olympique de Marseille, donde fue subcampeón de la Copa de la UEFA en el 2004, perdiendo frente al Valencia CF.
Luego de finalizar la temporada 2005-2006 deja el fútbol, aunque en Diciembre de 2006 jugó para el Nantes. Con su regreso al fútbol, Barthez no descarta seguir luchando por un sitio en la valla del seleccionado francés.