Isabel de Este nació en Ferrara el 17 de mayo de 1474, en una familia de la nobleza; su padre era Ercole I de Este, mientras que su madre era Leonor de Aragón, una de las hijas del rey de Nápoles, Fernando y de Isabel de Clermont. La joven
Isabel recibió una educación humanista gracias a sus maestros, entre los que se incluyeron Cósmico Nicola y Jacopo Gallino.
Isabel a una edad temprana, era muy culta e inteligente, mantenía correspondencia epistolar en la ciudad de Mantova y coleccionaba esculturas de estilo romano y moderno.
El 12 de febrero 1490 se casó con Francisco II, hijo de Federico Gonzaga, marqués de Mantua. Había sido comprometida diez años antes, tras un acuerdo entre la familia de Este y la familia de Gonzaga. En ese momento ella era todavía una niña, mientras que Francisco II Gonzaga no había cumplido los catorce años. El matrimonio se celebró para fortalecer la alianza entre la familia De Este y la familia Gonzaga. Después de su matrimonio con el joven Gonzaga, Isabel llegó a Mantova el 14 de febrero de 1490, donde fué muy bien recibida por los habitantes de la ciudad, que quedaron bien impresionados por su comportamiento suave y refinado.
Su comportamiento amable y gracioso no pasaban desapercibidos en la corte. Isabel de Este era amante de las joyas y tenía buen gusto en el vestir, era considerada como un modelo y un punto de referencia en el mundo occidental del Renacimiento.
Con su estilo impecable encarnaba la perfección y la belleza al punto de ser considerada la "prima donna" del Renacimiento italiano. Con sus maneras amables de ser, logró forjar fuertes lazos de amistad con duques, príncipes, reyes, artistas, músicos, poetas y eruditos.
La marquesa de Mantua también aprovechaba sus muchas cualidades en la vida política, especialmente en momentos en que el marido estaba ausente por distintos motivos. Su característica más distintiva fue la gran diplomacia que utilizó para manejar distintos asuntos políticos. Con gran valentía, por ejemplo, tomó las riendas del poder cuando su esposo Francisco II estuvo preso en Venecia por un largo tiempo. Y fué un período muy difícil que superó con gran fuerza y habilidad política. En 1519 murió Francisco II Gonzaga e Isabel gobernó el marquesado como regente de su hijo Federico, aún menor de edad.
Bajo su política de regencia, Mantua se elevó de marquesado a ducado, logrando una posición de gran prestigio en Italia. De hecho fue capaz de entrar en negociaciones políticas con el temido cardenal y arzobispo Cesar Borgia para recuperar el Cupido de Miguel Ángel, robado por Borgia en ocasion de su ascenso al ducado de Urbino en 1502.
Isabel, después de que logró convertir a la ciudad de Mantua en ducado, logró convertir a Hércules, uno de sus siete hijos, en cardenal. Habiendo manejado con gran habilidad asuntos políticos de las posesiones territoriales de su familia, se vió obligada a abandonar la ciudad por una decisión política tomada por su hijo Federico, que comenzó a controlar sólo el ducado de Mantua.
Se refugió en Roma a pesar de los disturbios políticos que ocurrían dentro de la ciudad controlada por el Papa. En 1527 estuvo en el saqueo de Roma y fue rodeada por los Cardenales ligados al papa
Clemente VII, que querían hacerla prisionera. En esa ocasión, sin embargo, logró escapar y refugiarse en su propio palacio, en cuyo interior se ofrecía hospitalidad a cerca de dos mil personas. Una vez más, el uso de sus habilidades diplomáticas y su inteligencia, lograron que no tomaran ni saquearan su palacio.
Después de volver a Mantua, solucionó los problemas causados por su hijo Federico.
Isabel de Este murió el 13 de febrero 1539 a la edad de sesenta y cinco años de edad; está enterrada en Mantua, en la Iglesia de San Francisco.