Rafael Márquez nació el 13 de Febrero de 1979 en Zamora de Hidalgo, México.
Comenzó su carrera como futbolista en el Atlas de Guadalajara, de su país de origen, donde jugó entre 1996 y 1999, debutando en la Primera División Mexicana con tan sólo 17 años.
En 1999, a los 20 años de edad y ya siendo un ídolo en todo México, emigró al Fútbol de Francia, donde fue contratado por el AS Mónaco. Debutó con su nuevo equipo en la Ligue 1 el 14 de Agosto de 1999, en el partido que su equipo goleó por 4 a 0 al Bastia.
En su primera temporada logró ganar la Liga Francesa, y fue distinguido como el defensa central ideal de toda la liga en la temporada 1999-2000.
En el 2003 consiguió la Copa de la Liga francesa y se consolido como uno de los mejores defensores centrales de toda Europa, recibiendo oferta de clubes bastantes importantes (Juventus, Inter de Milán, AC Milan y el Real Madrid).
Sorpresivamente fue contratado por el FC Barcelona, por la suma de 5 millones de euros, en el verano del 2003, convirtiéndose en el primer mexicano en ser futbolista del conjunto catalán.
Allí su debut en la Primera División española se produjo el 3 de Septiembre de 2003, en el partido que el Sevilla y el Barcelona empataron a 1 gol. Su primer tanto fue convertido en un partido frente al Real Betis el 17 de Septiembre de 2003.
Tras una primera temporada de adaptación, se consolidó en el primer equipo en la temporada 2004-2005, en la cual colaboró a que su equipo sea campeón de la Liga.
Tras disputar la Copa Mundial de Fútbol en Alemania 2006, renovó su contrato con el equipo azulgrana hasta el 2010.
En Noviembre de 2006 le fue concedida la nacionalidad española, y así dejó de ocupar plaza como extranjero.
Con la Selección Mexicana de Fútbol disputo 78 partidos como internacional, participando de la Copa de las Confederaciones, de la Copa América (1999, 2001 y 2004), de la Copa de Oro de la CONCACAF, y de los Mundiales de Corea-Japón y Alemania (2002 y 2006 respectivamente).
Clubes:
Atlas de Guadalajara (1996-1999)
AS Mónaco (1999-2003)
FC Barcelona (2003-)
Títulos:
Con el AS Mónaco:1 Liga Francesa (1999-2000)
1 Copa de la Liga de Francia (2002-2003)
Con el FC Barcelona:2 Ligas españolas (2004-2005 y 2005-2006)
2 Supercopas de España (2005 y 2006)
2 Copas de Cataluña (2003-2004 y 2004-2005)
1 Liga de Campeones de la UEFA (2005-2006)
Con la Selección de México:1 Copa Confederaciones (1999)
1 Copa de Oro de la CONCACAF (2003)